2012 metų vasario mėnesį Seimo Antikorupcijos komisijai tiriant susidorojimą su FNTT vadovais Vitalijumi Gailiumi ir Vytautu Giržadu, Respublikos prezidentės Dalios Grybauskaitės vyriausiasis patarėjas nacionalinio saugumo klausimais, Valstybės gynimo tarybos sekretorius Jonas Markevičius viešai melavo Seimui ir visuomenei, trukdė parlamentiniam tyrimui (daugiau skaityti ČIA ir ČIA; Antikorupcijos komisijos išvados – ČIA).
Deja, meluojantį patarėją prezidentė daugiau nei dvejus metus atkakliai gynė. Tik rengdamasi šiemet vyksiantiems Respublikos prezidento rinkimams, D. Grybauskaitė pagaliau išsiskyrė su ją kompromituojančiu patarėju. Ponas J.Markevičius iš prezidentės komandos pervestas dirbti į Krašto apsaugos ministerijos karinę kontržvalgybą.
Seimo narys, buvęs Antikorupcijos komisijos narys Naglis Puteikis pilietiniam Tiesos.lt portalui taip komentavo prezidentės D.Grybauskaitės atliktą rokiruotę:
„Už niekšiškus buvusių FNTT vadovų šmeižtus prezidentės patarėjas J.Markevičius nėra baudžiamas, o atvirkščiai – išsukamas nuo atsakomybės.
Vienas didžiausių buvusių FNTT vadovų V.Gailiaus ir V.Giržado tyčinio šmeižimo ir jų neteisėto išmetimo iš pareigų organizatorių – Prezidentės patarėjas nacionalinio saugumo klausimais Jonas Markevičius neva savo noru išeina iš prezidentūros. Manau, kad ne savo noru – D.Grybauskaitė stengiasi, jog per rinkimus ją kuo mažiau kritikuotų būtent dėl to, kad ji asmeniškai skambino Vitalijui Gailiui ir liepė atleisti specialiųjų tarnybų nepagrįstai apkaltintą Vytautą Giržadą.
Gaila, kad J.Markevičius ir Prezidentė iki šiol neatsiprašė buvusių FNTT vadovų, kuriuos nuo specialiųjų tarnybų šmeižtų apgynė visi Lietuvos Respublikos teismai.
Gaila, kad tyčia dezinformaciją skleidęs, nekaltus žmones paniekinęs ir taip LR Konstituciją pažeidęs J.Markevičius nėra baudžiamas, o atvirkščiai – išsukamas nuo atsakomybės ir net iš dalies už tas niekšybes yra paskatinamas – perkeliamas dirbti į karinę kontržvalgybą“.